TLDM telah mengambil alih sepenuhnya kuasa gerakan di perairan Sabah dan Sarawak setelah tamat konfrontasi pada tahun 1966.  Pangkalan hadapan yang pertama dibuka pada 16 Mei 1966 ialah KD SRI LABUAN. Pangkalan ini dirasmikan oleh Timbalan Perdana Menteri ketika itu, Allahyarham Tun Abdul Razak bin Hussein.  KD SRI LABUAN diwujudkan di Tanjung Purun, Wilayah Persekutuan Labuan dan dikenali sebagai Naval Officer Incharge East Malaysia (NOICEM).

 

Pada 1 September 1968, jawatan NOICEM telah diganti dengan nama Panglima Wilayah Laut Malaysia Timur atau Commander Naval Force East Malaysia (COMNAV EAST). Pada 1 Mac 1996, namanya ditukar kepada Markas Wilayah Laut 2 (MAWILLA 2).  Perubahan nama ini, selari dengan pembangunan pesat TLDM khususnya di Sabah dan Sarawak.

 

Pada tahun 2002, pemerintahan MAWILLA 2 dipindahkan ke Teluk Sepangar, Kota Kinabalu kerana keadaan geografi fizikal kawasan tersebut sesuai dijadikan pangkalan utama TLDM terutama bagi penempatan kapal permukaan dan kapal selam.  Ini adalah cetusan idea dari Panglima Armada, Laksamana Muda Dato’ Ilyas bin Hj Din. 

 

Projek Pangkalan TLDM Teluk Sepangar telah siap pada Apr 2006 dan mula mula beroperasi pada 2 Jun 2006. Pangkalan TLDM kedua terbesar ini terletak di Semenanjung Melanim, Teluk Sepangar.

 

Kini, pangkalan ini menempatkan beberapa Markas dan unit iaitu Markas Pemerintahan Armada Timur, Markas Angkatan Kapal Selam, Markas Logisik Timur, SKTLDM Kota Kinabalu, KD SRI KOTA KINABALU, KD SRI LIKAS, Pasukan Bantuan Gugusan Semarang Peninjau (PBGSP), Provos Tentera Laut Kota Kinabalu (PROTELA), dan Pasukan Pertahanan Udara (PPU). Selain itu, dua buah kapal selam dan lapan buah kapal juga ditempatkan di Pangkalan TLDM Kota Kinabalu ini.